El Amboró situado en el "codo de los Andes" y geológicamente formado por las montañas de roca arenisca, es fácilmente erosionable por el alto régimen de lluvias.
La cubierta vegetal es lo único que previene desastrosos procesos erosivos
El calor y la alta humedad ambiental son elementos constantes en el área del parque, donde los insectos abundan y mariposas de mágicos colores distraen la atención de los visitantes.

Como ilustración, hace tres años, un par de estudiantes universitarios de reptiles y anfibios visitaron por primera vez uno de los bosques nubosos cercanos a la población de Mairana, uno de los más accesibles del parque. Permanecieron en un área pequeña durante tres semanas, levantando troncos viejos, mirando en cuevas abandonadas y asomándose hacia el centro de bromelias que guardaban agua en sus hojas.

El resultado de tan corta expedición fue el hallazgo de 17 especies de animales aún desconocidas para la ciencia. Ya medida que estudian más los especimenes colectados, encuentran más novedades.

Se sabe que más de 120 mamíferos habitan el parque, algunos de ellos actualmente muy raros en el Continente. Este es el caso del oso de antojeras o jucumarí, único oso sudamericano, que está poco menos que extinguido en su hábitat que originalmente se extendía desde Venezuela y Colombia hasta Argentina. Otro ejemplo es la pacarana, roedor mediano semejante al conocido jochi pintado pero concola. Se encuentran poblaciones saludables de monos, venados, chanchos de monte y tapires, así como listas de murciélagos y roedores.

Aunque los bordes del parque han sido impactados por las quemas del chaqueo, por la invasión del ganado y por la cacería, un área de aproximadamente 400 mil hectáreas aún permanece virtualmente intacta como hábitat para su rica fauna. Los arroyos todavía corren claros e incontaminados; las especies más sensibles al impacto humano, como las pavas de monte y los grandes mamíferos, son aún abundantes; los bosques ofrecen grandes grupos de árboles de mara, pino sudamericano y otras especies que sólo gracias a lo inaccesible del terreno montañoso se han podido conservar; el cóndor, la arpía y el buitre rey son aún fáciles de observar.